Von den über 80 in Österreich heimischen Fischarten kommen 60 auch bzw. nur in der Donau vor. Während in den alpinen Gebieten vor allem Forellen, Saiblinge, Äschen, Schleien und Reinanken gefischt werden, findet man in der Donau Barsche, Welse, Huchen und Aale. Der Großteil der Karpfen stammt aus den Waldviertler Teichen. Aus der Klasse der Lurche oder Amphibien, die in Österreich alle unter Naturschutz stehen, bevölkern Molche und Wasserfrösche die Teiche. Auf einem Waldspaziergang nach einem Regen kann man auf den gelb-schwarz gescheckten Feuersalamander stoßen. Den Laubfrosch hört man in den Bäumen des Alpenvorlandes In den Donauauen (Nationalpark March-Donauauen) kann man noch die fast ausgestorbene europäische Sumpfschildkröte beobachten. Auf warmen Felsen und Mauern halten sich Eidechsen auf. Unter den Säugetieren sind Fledermäuse und Insektenfresser wie Igel, Maulwurf und Spitzmaus gesetzlich unter Schutz gestellt. Im Wald leben Haselmaus, Siebenschläfer und Eichhörnchen, auf den pannonischen Sandböden Hamster und Ziesel. Verbreitete Raubtiere sind Fuchs, Dachs und Marder. Zu den meistgejagten Tieren zählen Hase und Kaninchen. Das Wildschwein, einst nur im Leithagebirge lebend, bewohnt jetzt auch den Ernstbrunner und den Ellender Wald und Teile des Wienerwaldes. Das Wildschaf (Mufflon) und der Damhirsch existieren noch in umzäunten Revieren (Lainzer Tiergarten, Sparbach). Rehrudel bevölkern Feld und Wald, und in den Gebirgswäldern tifft man auf den Rothirsch. Die Gemse, dieser für die Alpenregion so charakteristische Paarhufer, vermehrte sich in letzter Zeit stärker.